Artículo cortesía de Australian Research Data Commons
El cáncer infantil mata a más niños que cualquier otra enfermedad en Australia y trágicamente, Cada semana tres niños y adolescentes en Australia mueren actualmente a causa del cáncer..
Cada niño es diferente, cada cáncer es único, Por lo tanto, el tratamiento debe adaptarse a cada individuo.. Personalizar la medicina, Los médicos e investigadores deben utilizar las últimas innovaciones y tecnologías que puedan proporcionar una visión única del cáncer de un niño en particular para permitir la identificación de los medicamentos que probablemente ataquen su cáncer de manera más efectiva..
Entra CAVATICA – una plataforma basada en la nube para acceder de forma colaborativa, intercambio, y analizar datos sobre el cáncer infantil. La plataforma permite a los científicos de todo el mundo acceder rápidamente a grandes cantidades de datos genómicos y flujos de trabajo dentro de un entorno de computación y almacenamiento donde pueden compartir., proceso, integrar, y analizar datos. Se pueden lograr análisis complejos y comparativos utilizando varios paquetes de código abierto R y Python.; y a través del Data Cruncher de CAVATICA, los datos se pueden compartir a través de Jupyter Notebooks interactivos y RStudio.
Los bienes comunes de datos de investigación australianos (ARDC), en asociación con Bioplataformas Australia, los BioCommons australianos, Instituto del Cáncer Infantil en Australia, el Centro para el descubrimiento basado en datos en biomedicina (D3b) en los EE.UU, y siete puentes, Hemos estado trabajando para expandir CAVATICA para utilizar Amazon Web Services en Sydney y poner a prueba nuevas capacidades para apoyar iniciativas australianas como Zero Childhood Cancer*.
Profesor asociado Mark Cowley, Líder del grupo de Biología Computacional del Children's Cancer Institute, dice que la expansión de CAVATICA ya ha mejorado la colaboración internacional al proporcionar enfoques más fáciles y rápidos para compartir datos y analizar datos raros sobre cáncer infantil..
“Dado que sabemos tan poco sobre muchos subtipos de cáncer pediátrico, es esencial que compartamos datos globalmente. Es posible que podamos comprender mejor cómo tratar el tumor de un paciente australiano comparándolo con un mayor número de pacientes estadounidenses..
“La innovadora tecnología de CAVATICA permite a investigadores de Australia y Estados Unidos compartir fácilmente datos y métodos de análisis novedosos., impulsar mejores resultados e investigaciones novedosas," Dijo el profesor asociado Cowley..
El ARDC, los BioCommons australianos, y el Children's Cancer Institute organizó una serie de talleres y un seminario web a principios de febrero. 2020. Presentado por la Dra. Allison Heath, Director de Tecnología e Innovación de Datos, D3b en el Hospital Infantil de Filadelfia, el seminario web y un taller de capacitación proporcionados:
-una visión general de CAVATICA
-cómo utilizar CAVATICA para crear herramientas para el análisis y el intercambio de datos
-cómo acceder y aprovechar los flujos de trabajo de producción existentes.
El centro de recursos de datos Gabriella Miller Kids First (Niños primero RDC) gestiona datos genómicos sobre defectos congénitos estructurales y cánceres pediátricos. Kids First DRC ha utilizado CAVATICA para armonizar y procesar más 15,000 genomas completos, exomas completos, y secuencia de ARN, incluyendo alineación, llamada variante somática, variantes estructurales, Expresión y fusiones de ARN..
Diríjase al sitio web exclusivo de CAVATICA para obtener más información sobre la plataforma y leer más sobre cómo el ARDC está colaborando con organizaciones nacionales e internacionales para ayudar a los investigadores australianos a curar a los niños con cáncer..
*El Programa Cero Cáncer Infantil es una iniciativa conjunta del Children’s Cancer Institute y Kids Cancer Center, Hospital de niños de Sydney, randwick
